法律分析：不一定。法院认定夫妻分居的条件有三个：
(1)夫妻分居，包括因感情不和而导致的不在一处居住，不履行夫妻之前的权利、不过夫妻性生活。
(2)分居的原因是因感情不和。
(3)分居连续已满两年。
综上所述，如果是因为感情不合所以才导致分居两年的，法院才会对这段婚姻关系进行判决。
法律依据：根据《民法典》第1079条规定：人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：因感情不和分居满二年。
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