个人所得税申报金额和实际支付的金额不一致的，首先要弄清原因，是否在合同履行过程中存在增减项、质量不合格等导致实际履行金额与合同约定金额的偏差。如果确定不是前面的情况，那就很可能是对方付款违约了。这样的情况可以找财务或者负责的人事，看问题出在哪里有必要可以去地税局打印《个人所得税完税证明》，以备不时之需。按工资表上的数据进行账务处理。只是说税务只认个税申报的工资数据。应交个人所得税科目，属于少交个人所得税。在搜集证据后，可以考虑仲裁或诉讼解决，当然如果金额差异不大，建议当事人协商解决，毕竟诉讼仲裁的时间和金钱成本较高。若差异过大，又协商不成的，则可以申请仲裁或者提起诉讼解决。至于是通过仲裁还是诉讼解决问题，就要看双方在合同中有没有约定仲裁条款了。仲裁条款可以在合同中约定也可以在纠纷发生前、后双方协商达成。如果没有达成仲裁条款，就只能向有管辖权的法院起诉了。
【法律依据】
《中华人民共和国劳动法》第十七条 订立和变更劳动合同，应当遵循平等自愿、协商一致的原则，不得违反法律、行政法规的规定。
劳动合同依法订立即具有法律约束力，当事人必须履行劳动合同规定的义务。第七十七条 用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。
调解原则适用于仲裁和诉讼程序。第七十九条 劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解；调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
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