股东会召集程序瑕疵会导致股东会所作出的决议是无效的。
1、公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。股东、董事、监事申请确认股东会、股东大会、董事会决议无效，或者股东申请撤销股东会、股东大会、董事会决议的，应以公司为被告。公司法定代表人对公司股东会、股东大会或董事会决议申请确认无效或撤销的，由公司推荐认可上述决议效力的其他股东、董事或者监事代表公司参加诉讼。
2、股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。股东超过该期限申请人民法院撤销股东会、股东大会、董事会决议的，人民法院不予受理。
3、股东依照上述规定提起诉讼的，人民法院可以应公司的请求，要求股东提供相应担保。
4、当事人对股东会、股东大会、董事会决议申请确认无效或撤销，人民法院驳回其诉讼请求的，他人以相同的事实和理由再次起诉的，人民法院不予受理。
5、股东丧失股东资格后对股东会、股东大会、董事会决议申请撤销的，人民法院不予受理。但剥夺其股东资格的决议除外。
6、公司召集股东会会议，除公司章程另有规定或者全体股东另有约定的外，应当于会议召开十五日前通知全体股东;公司召开股东大会会议，应当将会议召开的时间、地点和审议的事项于会议召开二十日前通知各股东。未按照上述规定履行通知义务，但未被通知的股东已经实际参加会议并表决的，其以未被通知为由申请撤销决议的，人民法院不予支持。
7、公司拒不按照股东会、股东大会或董事会决议办理工商登记变更手续的，股东、董事、监事等利害关系人有权提起诉讼，要求公司办理工商登记变更手续。公司根据股东会或者股东大会、董事会决议已办理变更登记的，人民法院宣告该决议无效或者撤销该决议后，公司应当向公司登记机关申请撤销变更登记。
一、小股东应该如何保护自己的权益？
小股东通过下列措施保护自己的权益：
1、查阅公司会计账簿；
2、必要是要求公司收购自己的股份；
3、股东会或者董事会决议危害自己利益时可以申请人民法院确认股东会、董事会决议无效，或申请撤销股东会、董事会决议。
根据《中华人民共和国公司法》规定，股东有权查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告。股东可以要求查阅公司会计账簿。股东要求查阅公司会计账簿的，应当向公司提出书面请求，说明目的。公司有合理根据认为股东查阅会计账簿有不正当目的，可能损害公司合法利益的，可以拒绝提供查阅，并应当自股东提出书面请求之日起十五日内书面答复股东并说明理由。公司拒绝提供查阅的，股东可以请求人民法院要求公司提供查阅。