太平天国战争主要在江苏等五省内进行，1851年江西、湖北、安徽、江苏、浙江五省估算人口数按照葛剑雄的说法是一亿七千万，1911年五省总数仅有一亿余人，数量减少起码6500万人。
周武指出，人口大量死亡由于清军和太平军的战乱，“许多史料显示太平军在一定程度上同情穷人，有时甚至宽容富人，而曾国藩和他的同僚们则坚持主张将太平军斩尽杀绝，即使对投降者和俘虏也不例外。”
以下为人口锐减的主要人为原因：
太平天国战争，太清双方展开拉锯战，在浙江等地人民被迫蓄发，但清军收复以后对蓄发者依然保持留发不留头的态度，并且由于湘军等部队破城即屠杀，造成大量人口死亡。曾国藩、向荣、李鸿章等人发动的苏州大屠杀、常州大屠杀、江阴大屠杀、嘉兴大屠杀、杭州屠杀、南京大屠城、安庆大屠城、九江大屠城等，每次都杀死数万至数十万人，并且造成大量人口死于接下来的饥荒和瘟疫。
1860年李鸿章为堵截捻军骑兵，而挖掘黄河，制造黄泛区。
云南、陕甘回民起义以及北方五省大饥荒。
霍乱、各省人民起义，遭受清军严酷镇压，进行大屠杀，劫掠财产、食物，烧毁他们的房屋，导致大量人民被迫冻饿而死或者成为流民，死于瘟疫和疾病。
葛剑雄在人口史中提到，死亡人口只有百分之30是由于战争本身，其余百分之70是由于烈性传染病即霍乱。军队掠夺平民食物，造成大饥荒，尸体得不到掩埋，又污染空气、水源。
湘军屠杀九江时，将城内男女老幼全部斩尽，湖广总督上奏报功称“该逆（城内军民）无路可奔，嚎叫之声惨不可闻，自卯至午，歼除殆尽，尸骸堆积，流水猩红。”
向荣认为屠城是很合理的，因为“设有胁从之民”的话，也应该“设计逸出”，没逃出来的肯定都是“贼”。
咸丰十一年八月，曾国藩攻破安庆，进行屠城，车轮高以上的男人全部杀光，“妇女万余人具为掠出”，“涤荡未有如此之酷者矣”（赵烈文日记）。
曾国藩攻破安庆以后，“城中凡可取之物，扫地而尽，不可取者皆毁之，至剖棺木以求财物”，抢光了人民的食物和财产，导致的人口大量死亡是无可避免的。
攻破天京时，湘军强迫成年男子为兵勇抬扛抢劫来的财物，然后杀害，随后杀光城中数十万人，女人则全部掠出，曾国藩心腹爱将李臣典疯狂强奸数十个妇女，导致暴毙而死，丧心病狂令人发指。
《曾国藩全集》家书一第749页记载，曾国藩写信给曾国荃称，要“屠城以泄愤”，并称李续宾在“九江亦是如此办法”，让曾国荃不要有心理负担。
清军重复了在明末的大规模、彻底的种族灭绝式屠杀政策，造成大量人口损失。有人称这也不能怪清军，而是怪太平军起义。然而1840年代中国经济崩溃，百姓民不聊生，清廷腐败混乱，黄淮地区年年发大水，不止太平军起义，全国人民蜂拥而起，反抗暴政。
人民不反就死，还鹦鹉学舌一般指责人民是完全丧心病狂、愚昧的。
清朝遗老们只提太平天国战争造成人口损失，却绝口不提是
占据大头，这就导致对此时期历史不太了解的人们认为是太平军所杀，这是一个很可耻的隐恶扬善套路。