生物信息学一些基本的常用软件有哪些
发布网友
发布时间：2022-04-22 05:51
共2个回答
懂视网
时间：2022-04-10 23:34
生物信息的工具和数据库太多，但有一些基础的工具是必须精通的，甚至需要经常翻阅寻找灵感。
通用数据库：
UCSC Genome Browser - 基因组的可视化
OMIM - Online Mendelian Inheritance in Man - 研究疾病必备
专业数据库汇总：
单细胞数据库汇总
遗传数据库
表观数据库
蛋白数据库: UniProt, PDB, Pfam, CATH, SCOP2
代谢物数据库
待整理：
GeneMANIA - gene network, 分析碰到瓶颈了就去里面找找证据。
webgestalt - 无需编程，网络版的GO、KEGG和GSEA分析工具
TCGA
GTEx
GEO
ENCODE
SRA
gnomAD
ARCHS4
clinvar
NONCODE
GO
KEGG
dbSNP
STRING
NCBI
GWASdb
omictools - 汇总数据库 收费了
我的final model需要整合这些数据库！！！
长期收集。。。
生物信息基本工具和数据库
标签：生物 href 汇总 lan was logs geo ict pmc
热心网友
时间：2022-04-10 20:42
必学：1、计算机基础（linux+perl+R 或者 python+matlab）
2、生信基础知识（测序+数据库+数据格式）
3、生信研究领域（全基因组，全转录组，全外显子组，捕获目标区域测序）
4、生信应用领域（肿瘤筛查，产前诊断，流行病学，个性化医疗）
分而治之：
一、计算机基础，需要看三本书，一步步的学会学通，不需要刻意去找哪个书，一般linux是鸟哥私房菜，perl是小骆驼咯，R是R in action，但是看一本书只能入门，真正想成为菜鸟，必须每个要看五本书以上！我云盘里面有这基本上的高清打印版，大家可以去淘宝打印一下才几十块钱还包邮，对书比较讲究的也可以买正版，也不过是一百多块钱而已！
二、生信基础知识，测序方面，在百度文库找十几篇一代二代三代测序仪资料仔细研读，然后去优酷下载各大主流测序仪的动画讲解，再看看陈巍学基因的讲解；数据库先看看三大主流数据库——NCBI,ENSEMBL,UCSC，还有一些也可以了解一些（uniprot,IMGT,KEGG，OMIN，TIGR，GO）同样也是百度文库自己搜索资料，但是这次需要自己去官网一个个页面点击看，一个个翻译成中文理解吃透；数据格式讲起了就多了，这个主要是在项目流程中慢慢学，或者你有机会去上课，不然你看来也是立马忘记的，主要有sam,vcf,fasta,fastq,bed,gtf,gff,genbank,ensembl,psl等等
三、生信研究领域，各个领域主要是软件繁多，合起来常用的估计有上百个软件了，一般只有从业五六年以上的人才有可能把它们全部用过一遍，而且这也完全需要项目来训练，而不能仅仅是看看软件手册，但是研究领域最重要的是背后的原理，需要看各大牛的综述。
a) 生信基础软件(blast++套件，fastqc，flash，blast，solexaQA，NGS-QC-toolkit，SRA-toolkit，fastx-toolkit)
b) snp-calling相关软件（bwa，bowtie，samtools，GATK，VarScan.jar，annovar）
c) 基因组相关软件（velvet，SOAPdenovo2，repeatmasker,repeatscount,piler，orthMCL，inparanoid,clustw,muscle，MAFFT，quickparanoid，blast2go，RAxML，phyML）
d) 转录组相关软件（trinity，tophat，cufflinks，RseQC，RNAseq，GOseq，MISO，RSEM，khmer，screed，trimmomatic，transDecoder，vast-tools，picard-tools，htseq，cuffdiff，edgeR，DEseq，funnet，davidgo，wego，kobas，KEGG，Amigo，go）
