您的问题:
部门之间绩效考核难以平衡,比如说，人资部有硬指标:岗位满员率要达9５％以上,少一个百分点就扣一分，而财务部好象也有硬指标:差错率为0,但鬼知道，结果算奖金时，财务部人员不费吹灰之力全部优等,人资部人员费九牛二虎之力良等,搞不好只及格,奖金泡汤。不服气啊!
总经理对绩效管理研究不精，而人资部又无能力对总经理施加有力影响(永远的定式：财务工作永远比人资工作重要!
答：
贵公司在绩效管理中表现出来的问题,恐怕是一个综合性问题，而人力资源部和财务部两部门之间绩效不平衡的问题只是一个您比较关注的问题。
问题可能存在于以下几个方面:
１、部门绩效关键绩效指标设置不合理，尤其是人力资源部和财务部而言。
如你所说,财务部门绩效指标主要财务记录的差错率，这一指标的零差错率是较为容易实现的。但人力资源部门的指标则相对难度较大。
2、指标标准和权重设置可能存在不合理的情形。
与上一个问题相关，指标标准和指标权重的设置不合理也会加重这一负担。比如人力资源部门必须百分百地完成招聘计划，而财务部门必须保证百分百地正确率，二者看似合理，但实际上难度相差很大。
3、薪酬制度不完善，不能合理体现岗位之间的相对价值差异。
最关键的是,部门绩效只是某一部门在考核期内的完成情况相对于自身绩效标准的比较,实际上无法进行相对比较的。更极端一点，你不能因为财务部保证了百分百的财务记录准确率而认为其绩效要优于完成95%销售计划的销售部门。(但是可以推论,贵公司销售部门薪酬和财务必然存有不同的体系，因而两者之间的矛盾不突出。）
但是由于各个部门薪酬相同——或者说实行的是基于行政层级的薪酬制度，所有部门经理的薪酬相同，而没有区分不同部门在企业中价值和重要程度，本来不可比较的绩效似乎变得可以在部门之间比较。
所以,薪酬制度一定要区分各个岗位在企业运营中的重要性而赋予不同薪酬等级和薪酬标准。
一、 进一步，企业组织结构不能适应企业的发展,这是一个根本性
问题。
基于公司财务部的指标，可以进一步推论,公司财务部的业务内容还主要停留在财务会计层面，即主要负责公司财务记录；而随着企业的发展,将对财务部门提出更高要求，如要对公司经营决策提供支持，这就是管理会计的层面，比如要进行企业财务筹划、降低财务成本,要为企业投融资提供决策支持等等。
从企业财务发育程度来看，公司其他部门的职能发育水平也可能存在局限。尤其是公司已经达到亿元规模，应当在营销、生产以及整体布局方面进行整体思考。
二、 企业高层的意识问题。
从你的描述中，企业高层认为财务较人力资源部门更重要,在大量中小企业中都是这种状态。因为财务部门直接控制着企业的财权，虽然它并不直接产生利润。高层还会比较重视销售，这都是很自然的事情。
以销售为例，从传统销售中分化出了市场营销部门,目前没有一个企业会忽视市场营销部门的价值。而营销部门是与人力资源部一样的职能部门，是去策划如何去销售的部门。
反过来说，如果人力资源部仅仅是做一些具体的行政性事务，则其价值也不高。
下面,就以上几个问题进行具体分析，并给出解决建议。
1、 绩效指标设计问题。
就财务部而言,要随着企业管理的需要,逐渐从财务会计向管理会计、从一般的财务记录的准确度向为管理提供决策支持发展,这就需要为财务部设计诸如定期财务分析报告完成质量、税务筹划完成质量、财务成本降低幅度等指标。
就人力资源管理部门而言,也应当逐渐从一般的事务性工作向真正的战略伙伴转变。
更重要的是,各部门的指标都不能是固定的、一成不变的,必须根据企业发展的现实情况不断调整，但其核心是不断改善。对于已经能够良好地完成目前指标的，要逐步提出更高的要求。实际上,持续改进恰恰是绩效管理的核心所在。
2、 绩效指标的权重和标准。
这个问题在前面已经分析过，要根据各个部门各项工作的难易程度来确定指标权重,要根据企业的现实情况确定绩效指标标准。
例如，公司在面临阶段性的、普遍性的民工荒问题时,仅仅依靠对人力资源部门的扣罚也无法完成用工要求。这时就应当制定出更合理的招工完成率指标的标准值。
这与根据市场情况确定销售人员销售任务完成指标值的逻辑是完全一致的。
3、 改善企业薪酬体系。
必须承认，行政层级工资制度回避了诸多矛盾和问题，也为大多数企业所采用和接受。但是最大的问题却在于模糊了企业不同部门、不同岗位在企业价值创造过程中贡献差异。因此，很多企业都通过岗位评价对岗位进行价值定位,确定了基于岗位价值的岗位等级体系。
这应当是公司薪酬管理制度调整的一个基本取向。
4、 组织调整。
一个更为基本的问题，企业组织结构可能对公司进一步发展存在诸多的不适应。因此，应当从部门定位、职责的角度对其组织做相应调整。而上述对财务部门指标的调整，就在于财务部门定位的调整,而其背后是企业发展的需要。
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