预后分析最佳cutoff值计算工具

在⼤家进⾏科研⼯作的过程中，拿到⼀个基因，获取表达量后，总要先与预后来⼀波分析。分析过程中势必会涉及到分组，说到分组，肯定是⽼⽣常谈的以中位值，平均值，抑或是3分位数来进⾏。但是如果这样分组后预后依旧没有意义呢？就能说这个基因的表达与预后就真的没有关系嘛？

当然不能。那么有没有⼀种⽅法，能获取预后的最佳cut-off值，继⽽能够很好的区分呢？当然有，今天⼩编就给⼤家介绍⼀个软件：X-Tile。是耶鲁⼤学开发的⼀个⼩⼯具，不⽤复杂的代码，只需点点点⼏步，即可快速实现寻找截断值。⽽原理⾮常简单，就是“枚举法”，即以不同的值作为截断值分组进⾏统计检验。

根据官⽹，打开，下载该软件

具体得下载安装就不多介绍啦，这个想必⼤家都会，下⾯我们直接从操作开始进⾏介绍。 双击打开X-tile软件，点击Analyse，进⼊。

根据下图所⽰顺序，点击file-Open，依次打开，导⼊分析数据。

注：这⾥导⼊txt格式，主要包含3个变量：基因表达，⽣存状态及⽣存时间。当我们想查看多个基因的表达的最佳cut-off值时，不必分批次上次，都写在⼀个⽂本⽂档就⾏，下⾯我们就以2个基因进⾏简要展⽰。

数据导⼊后，如下图所⽰。点击左侧任⼀变量，在中间可显⽰变量的具体数值。将⽣存时间及状态依次放⼊右侧框（点击Load），选择要分析的geneA，放⼊Marker1，Marker2空着即可。（当要分析geneB时，加载到Marker1的位置即可） 点击左上⾓的Do，Kaplan-Meier，Marker1。 进⼊以下结果页⾯。

⿏标置于直⽅图的不同位置，上⾯表中即可以⿏标所在位置为截断点分成两组，进⾏log-rank检验。右上⽅为P值，右⽅为⽣存曲线图。

我们可以发现，出来的图⽚挺丑，不过我们可以利⽤这个软件找到最佳cut-off值，然后再通过其他绘图软件来进⾏更好的展⽰。