《水浒传》的主旨在不同时期、不同立场、态度的评论者那里有着不同的看法。明清两代或主张“忠义”说，或主张“诲盗”说，存在着严重的对立。也有人认为是
“为英雄传说立传”。
明代杨定见在《忠义水浒全书小引》中说：“《水浒》而忠义也，忠义而《水浒》也。”“忠义”说建立。小说中以宋江为首的好汉在梁山时就“只反贪官，不反皇帝”，体现为“忠”；后来受到朝廷招安，更是为朝廷剿灭众多的反叛者。甚至宋江在为奸臣毒害致死前，他怕李逵造反坏了“忠”字，而不惜毒死了他，说出“宁可朝廷负我，我忠心不负朝廷”的话来，其“忠”可见。至于“义”字，更是梁山好汉的座右铭。如仗义疏财，济危扶困；一人遇难，众好汉不避凶险，舍命相救等侠义行为，是小说情节的核心。所以，“忠义”说为世人所接受。
但是，从统治者的角度看，《水浒传》宣扬的主要是犯上作乱，反叛朝廷；加之成书之后影响巨大，文人借此批判现实，历朝历代一批批的义军都将其作为造反起义的教科书，所以封建统治者恨之入骨，把它称作一部“诲盗”的“贼书”，厉行严禁。他们认为：“世之多盗，弊全坐此，皆《水浒》一书之为祟也。”“诲盗”说代表了封建正统的价值标准。
《水浒传》之所以受到欢迎，很大程度上是因为它歌颂了英雄，歌颂了智慧和真诚。“水浒”英雄大都是“力”与“勇”的化身，有的是智慧的代表，当这种勇力和智谋表现在为百姓抱不平，伸张正义时，更能引起共鸣。而仗义疏财，豪情相交，“大块吃肉，大碗喝酒，大称分金银”，更使小说蒙上了一层特殊的江湖豪侠气息，使“为英雄传说立传”说很有群众基础。
近代，一些人把《水浒传》描写的梁山世界看作一个相互关心，相互帮助的群体，好汉之间亲密无间，人人都拥有发言权，带有很强的民主色彩，这样的理想境地和近代社会要求民主、民权契合一致，于是《水浒》成了“倡民权、民主”的“政治小说”。
解放以来，特别是冯雪峰的《回答<水浒>的几个问题》发表后，“农民起义”说占据了主导地位。《水浒传》展示了我国封建社会中的一场惊心动魄的农民起义，虽然其领袖并非出身于农民，队伍的成员也很复杂，但是其基本队伍由庄客佃户、农民渔夫组成，他们有一种“和大宋皇帝作个对头”，渴望“杀上东京，夺了鸟位”的思想，与整个封建国家相对抗，其性质应该是农民起义。特别是作者站在造反英雄的立场上，揭露了“歼逼民反”的现实，提出“造反有理”的思想，热情讴歌造反英雄，揭示了封建社会的基本矛盾，艺术地再现了农民起义的发生、发展直至失败的全过程，并从中总结了一些带规律性的东西。从这个意义上说，《水浒传》是一部歌颂农民起义的史诗。
1975年伊永文的《<水浒传>是反映市民阶层利益的作品》提出了“市民”说后，一些学者相继从小说中的领袖出身、队伍组成、政治口号和发动战争的性质等角度分析论证《水浒传》是“为市井细民写心”。他们认为，《水浒传》中“义”占有突出地位，“仗义疏财，济危扶困”的理想不仅在一般意义上反映了下层群众为维护自身利益而“戮力相助”，而且更深刻的反映了由于城市居民、江湖游民等队伍的不断扩大，社会道德规范正悄悄地发生着变化，代表了广大百姓的愿望和意志。
1979年起，又有学者用“忠歼斗争”说来解释小说的主题。认为：小说在歌颂宋江等梁山好汉“全仗忠义”，“替天行道”的同时，深刻揭露了从朝廷到地方一批批贪官污吏、土豪恶霸的“不忠不义”。他们狼狈为奸，把整个社会弄得暗无天日，民不聊生，直接导致“歼逼民反”。作者揭示了这样一个社会悲剧：“全仗忠义”的英雄不能“在君侧”，而反倒“在水浒”；“替天行道”的好汉最终被“不忠不义”的社会所吞噬。忠歼斗争留给作者极大的痛苦和深沉的悲哀。
经过一段时间的相互辩难和讨论，目前学界大致认为“农民起义”说、“市民”说和“忠歼斗争”说从不同角度立论，均有一定合理性，相互之间可作某种补充和包容。 第一种意见认为宋江是“替天行道”的“忠义之士”。这里“替天行道”的 意思不是要取天子的地位而代之，而是由于奸臣当道，天子遭受蒙蔽，导致天下 大乱，梁山好汉的任务就是要帮助天子诛除奸佞，恢复朝纲。因此宋江的目的不 是要推翻宋朝，而是本著一片忠义之心，矢志报效朝廷，并且还要镇压其他不忠 于宋廷的造反者。概括言之，就是“只反贪官，不反皇帝”。这种观点正反映了 “一百二十回本”的精神，因为“一百二十回本”的后半部正是讲述梁山好汉如 何在奸臣的百般阻挠外，仍然不负朝廷所托，讨平边患和叛匪。是故“一百二十 回本”又称《忠义水浒全传》。
第二种意见认为宋江是“贼首”和奸恶之徒，删节《水浒传》的清代文人金 圣叹是这种观点的代表。被删去的后五十回是叙述梁山好汉受招安和报效朝廷， 正是显示宋江“忠义”的情节。因此金圣叹删去后五十回除了因为其情节、文字 较前七十回拙劣外，其实还有一笔勾销宋江“忠义”性质的用意。除了删去原著 后半部分外，金圣叹还窜改《水浒传》的内容。虽然他所窜改的地方一般只是一 些细微部分，而非主要的故事情节，但其用意是要透过某些细节显出宋江的奸猾，
以达到某种“微言大义”的效果。例如他对跟随晁盖前往攻打曾头市的头领名单 作了某些更动，使名单中的头领尽是当初跟随晁盖上山或拥立晁盖的头领，以此 暗示梁山已分裂为“亲晁盖派”和“亲宋江派”，而只有前者跟随晁盖出战。这 样金圣叹便塑造了一个架空并篡夺晁盖领导权的宋江形象。
第三种意见认为宋江是农民起义军领袖，这主要是就前七十回而说的，因为 前七十回的主要情节正是讲述梁山好汉（包括宋江）如何被迫上梁山，并进行反 抗官军，乃至攻州夺府、杀害朝廷命官的活动。这种意见是中共建政初年内地的 主流意见，这可能是由于当时一般人只知有“七十回本”，因而只著重看宋江造 反的一面。虽然宋江的受招安意图在前七十回已略见端倪（注４），但由于“七 十回本”是以梁山泊英雄排座次为结局，正是造反的巅峰期，因此造反主题非常 突出，而受招安主题则被掩盖了。
第四种意见认为宋江是投降派，是农民起义的叛徒。这种观点最盛行于文革 动乱时期，尤其是在“四人帮”发动“评水浒”运动之后。这种观点可以毛泽东 对《水浒》的批示以及文革时期多篇批判宋江的文章或刊物（例如《宋江析》） 作为代表历来对施耐庵《水浒传》之主旨仿佛大多是围绕着农民起义军与皇帝的对立而说的，批判施耐庵所写的“招安”一节乃是“向封建统治者妥协”一说。鄙人
读水浒，却觉得里面固然有“官”“贼”对立，农民造反，更多所抒发的是对人生聚散的慨叹，对自由的渴望， 由情节的发展决定，“散”成为了“聚”，而“聚”必然面对的是个性的抹杀，每个人不再是自由自在的个人，而成为了集体中的一份子。单独行动变成了集体行动，“管”的力量由以前的“官府”变成了自己一手建立的集体，旧的束缚被新的束缚取代，而被束缚了的正是鲜活的个性与创造力。为解决这个矛盾，作者自觉不自觉的（或者说是情节决定的）要把“聚”还原为“散”，（这似乎也是聚散本来的循环逻辑）于是，由于外力的影响（深一步可以说是内在的矛盾），好汉们终于如萍飞絮散，生离死别，既是悲剧，又很无奈，造成了巨大的悲剧感。悲剧性就在于这种悲剧似乎没有一个解决的途径，一切看来都是必然的，跳不出命运的安排。一方面，是人对束缚解除的强烈要求，这种要求的对象，小则是“官府”，大则是一切束缚（“不怕关，就怕管”——想想阮氏兄弟在梁山泊的芦花荡里架船打鱼的画面是多么逍遥惬意！）另一方面，则是各种束缚的无处不在。因为想解除束缚，追求公正起义上山，却又发现新的束缚迅速代替了旧的，“自由”的滋味和理想中仍差的很远，虽然有人超越了这一点（阮氏兄弟，他们一直是很逍遥畅意的），但整个小说却以“自由梦”的破灭结束，带给读者以巨大的悲剧感，将此归于“宿命”，实则是对不可抗拒之力量的束手无策的无奈。去除了官府的“管”，仿佛达到了“自由”，其实无政府状态下却是每个人的不自由，而且还有一种巨大的空虚感。这种状态又是一种不自由。此乃鄙人之愚见。水浒之所以经典，就是在于它揭示的是一个永恒的问题：自由。
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