小产权房纠纷一般会被判合同无效。
小产权房买卖合同的效力一般认定无效为原则。但也区分以下不同情况：
1、对于发生在本乡范围内农村集体经济组织成员之间的农村房屋买卖，该房屋买卖合同认定有效；
2、对于将房屋出售给本乡以外的人员的，如果取得有关组织和部门批准的，可以认定合同有效；
3、对于将房屋出售给本乡以外的人员，未经有关组织和部门批准，如果合同尚未实际履行或者购房人尚未实际居住使用该房屋的，该合同应作无效处理。
小产权房不能向非本集体成员的第三人转让或出售，即购买后不能合法转让过户。其同时对房屋的保值和升值也有一定影响。购买在建小产权房时，购房人与开发商签订合同并交付房款后，如果相关部门整顿乡产权房的建设项目，可导致部分项目停建甚至被强迫拆除。购房人会面临既无法取得房屋，又不能及时索回房款的尴尬境地。小产权房的性质有以下两种：
1、在集体建设用地上建成的，即“宅基地”上建成的房子，只属于该农村的集体所有者，外村农民不能购买；
2、在集体企业用地或者占用耕地违法建设的房子。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国土地管理法》
第九条 城市市区的土地属于国家所有。
农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有；宅基地和自留地、自留山，属于农民集体所有。
第十一条 农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理；已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理；已经属于乡（镇）农民集体所有的，由乡（镇）农村集体经济组织经营、管理。
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