法律分析：农村合作医疗报销流程如下：1、如果是在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构看病的，参保人可以直接刷卡报销；2、如果是在市外2级及2级以上公立医院住院治疗的，在出院后的3个月内，由参保人或其家属带医疗费用原始发票等材料到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。如果参保人申请报销材料不足的，可能会不予报销。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法实施细则》
第八条 参保人员在协议医疗机构发生的医疗费用，符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准的，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。参保人员确需急诊、抢救的，可以在非协议医疗机构就医；因抢救必须使用的药品可以适当放宽范围。参保人员急诊、抢救的医疗服务具体管理办法由统筹地区根据当地实际情况制定。
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