法律分析：黄灯的时候已越过停止线的车辆停在了斑马线上不扣分。根据相关法律规定，黄灯亮时，已越过停止线的车辆可以继续通行。驾驶人在通过路口前看到黄灯亮时应当及时停车，若继续行驶越过停止线，停在斑马线上不动，则属于违章的行为。机动车驾驶人违法停车，妨碍其他车辆、行人通行的，会处以200元以下罚款、记2分的处罚。
法律依据：《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第三十八条 机动车信号灯和非机动车信号灯表示：
（一）绿灯亮时，准许车辆通行，但转弯的车辆不得妨碍被放行的直行车辆、行人通行；
（二）黄灯亮时，已越过停止线的车辆可以继续通行；
（三）红灯亮时，禁止车辆通行。
在未设置非机动车信号灯和人行横道信号灯的路口，非机动车和行人应当按照机动车信号灯的表示通行。
红灯亮时，右转弯的车辆在不妨碍被放行的车辆、行人通行的情况下，可以通行。《中华人民共和国道路交通安全法》第九十三条 对违反道路交通安全法律、法规关于机动车停放、临时停车规定的，可以指出违法行为，并予以口头警告，令其立即驶离。
机动车驾驶人不在现场或者虽在现场但拒绝立即驶离，妨碍其他车辆、行人通行的，处二十元以上二百元以下罚款，并可以将该机动车拖移至不妨碍交通的地点或者公安机关交通管理部门指定的地点停放。公安机关交通管理部门拖车不得向当事人收取费用，并应当及时告知当事人停放地点。
因采取不正确的方法拖车造成机动车损坏的，应当依法承担补偿责任。
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