法院对擅自发行公司债券罪既遂的处罚是：擅自发行数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的，处五年以下有期徒刑或者拘役，同时处以或者单处非法募集资金金额百分之一到百分之五罚金。单位犯罪的，对单位主管和负责人员处五年以下有期徒刑或者拘役。法律依据：《中华人民共和国刑法》第一百七十九条未经国家有关主管部门批准，擅自发行股票或者公司、企业债券，数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处非法募集资金金额百分之一以上百分之五以下罚金。单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役。
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