公司不能清偿债务的认定方式：债权债务关系依法成立、债务履行期限已经届满、债务人未完全清偿债务等条件均满足时，应当认定公司不能清偿债务。且一般由人民法院做出认定。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国企业破产法〉若干问题的规定（一）》第二条 下列情形同时存在的，人民法院应当认定债务人不能清偿到期债务： （一）债权债务关系依法成立； （二）债务履行期限已经届满； （三）债务人未完全清偿债务。
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