1、鉴定机构不同，工伤鉴定的鉴定机构是社保局;司法鉴定的鉴定机构是持有鉴定资质的有关机构。
2、鉴定标准不同，工伤鉴定的鉴定标准有大概400多项;司法鉴定的鉴定标准只有大概200多项，从鉴定标准的范围来看，简单理解就是，工伤鉴定能鉴定到十级的，在司法鉴定中不一定能鉴定的到伤残。
3、鉴定流程不同，工伤鉴定需要先做工伤认定，认定为工伤后才能做工伤鉴定;司法鉴定，在你伤情稳定后即可委托鉴定机构进行鉴定。
法律依据：《司法鉴定程序通则》
第三十九条 司法鉴定意见书应当一式四份，三份交委托人收执，一份由司法鉴定机构存档。司法鉴定机构应当按照有关规定或者与委托人约定的方式，向委托人发送司法鉴定意见书。
第四十条 委托人对鉴定过程、鉴定意见提出询问的，司法鉴定机构和司法鉴定人应当给予解释或者说明。
第四十一条 司法鉴定意见书出具后，发现有下列情形之一的，司法鉴定机构可以进行补正：
（一）图像、谱图、表格不清晰的；
（二）签名、盖章或者编号不符合制作要求的；
（三）文字表达有瑕疵或者错别字，但不影响司法鉴定意见的。
补正应当在原司法鉴定意见书上进行，由至少一名司法鉴定人在补正处签名。必要时，可以出具补正书。对司法鉴定意见书进行补正，不得改变司法鉴定意见的原意。
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