可以。网上办理港澳通行证的流程如下：
1、登录出入境网站按提示要求填写好相应内容；
2、在申请的第四个工作日后可登录网站查询申请是否已受理；
3、申请受理后申请人可以在第十个工作日后凭有效的港澳通行证、身份证、申请回执编号到市公安局出入境管理处领取签注。
法律依据：
《出境入境管理法》
第三条
国家保护中国公民出境入境合法权益。 在中国境内的外国人的合法权益受法律保护。在中国境内的外国人应当遵守中国法律，不得危害中国国家安全、损害社会公共利益、破坏社会公共秩序。
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