个人所得税专项扣除申报晚了可以退税。纳税人只需向企业申报扣除信息，以后可享受一次性扣除。一次性补扣不能完成的，收到工资后可再补扣。一般来说，个人所得税专项扣除申报晚也可以退税，实行晚报扣除，少退税标准。
《个人所得税法实施条例》第十三条
个人所得税法第六条第一款第一项所称依法确定的其他扣除，包括个人缴付符合国家规定的企业年金、职业年金，个人购买符合国家规定的商业健康保险、税收递延型商业养老保险的支出，以及国务院规定可以扣除的其他项目。
专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除，以居民个人一个纳税年度的应纳税所得额为限额；一个纳税年度扣除不完的，不结转以后年度扣除。
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