个人所得税退税的操作方式有：
1、申请人自行申请退税：一般可以通过税务局网站、或者个人所得税手机APP、邮寄申办、或者直接前往办税服务大厅等方式进行办理年度汇算，并结清应退税款；
2、可以委托公司代缴个税人员协助办理退税，纳税人可向任职所在公司提供上个纳税年度在本公司之外的综合所得收入、相关扣除信息、以及享受税收优惠等信息资料，委托公司负责代缴个税的工作人员协助进行纳税申报并办理退税；
3、纳税人可委托涉税专业服务单位或者个人代为退税。
办理退税应当提交的材料有：
1、完税凭证原件和复印件各一份，审核无误后，原件退还纳税人；
2、误征误交税款所属期的个人所得税明细申报表复印件一份；
3、退（抵）税款申请表《企业误交税款退税申请表》一式四份；
4、退税申请，须注明申请退税原因及申请退税金额；
5、发放工资签收单或银行发放单复印件一份；
6、员工聘用合同复印件一份；
7、因事务所、网站等原因误交税款的，需附上述单位出具的《情况说明》；
8、税务机关规定应当报送的其他有关证件、资料。
综上所述，个人所得税的退税要符合规定的程序，在退税办结时，需要出具相关的证明文件。
【法律依据】：
《中华人民共和国税收征收管理法》第五十二条
纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。
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