未亲自登记的婚姻有效，但是存在瑕疵。因为合法的婚姻关系必须是双方共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理结婚证，但婚姻登记机关办理了结婚登记，且符合结婚的其他实质要件，此种情形应认定为合法有效婚姻。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》第一千零四十九条
要求结婚的男女双方应当亲自到婚姻登记机关申请结婚登记。符合本法规定的，予以登记，发给结婚证。完成结婚登记，即确立婚姻关系。未办理结婚登记的，应当补办登记。
《婚姻登记条例》第四条
内地居民结婚，男女双方应当共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理结婚登记。
中国公民同外国人在中国内地结婚的，内地居民同香港居民、澳门居民、台湾居民、华侨在中国内地结婚的，男女双方应当共同到内地居民常住户口所在地的婚姻登记机关办理结婚登记。
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