公司与怀孕女职工发生劳动纠纷，可以选择劳动仲裁的方式解决纠纷，不存在怕不怕的问题。
劳动仲裁是指由劳动争议仲裁委员会对当事人申请仲裁的劳动争议居中公断与裁决。在我国，劳动仲裁是劳动争议当事人向人民法院提起诉讼的必经程序。发生劳动争议，劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议。对于当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
法律依据：
《女职工劳动保护特别规定》
第5条
用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。第7条女职工生育享受98天产假，其中产前可以休假15天;难产的，增加产假15天;生育多胞胎的，每多生育1个婴儿，增加产假15天。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容