(1)清洗玻璃板：用洗涤剂反复洗涤玻璃板，自来水冲洗干净后用去离子水浸泡后冲洗，然后晾干，最后用无水乙醇擦洗几次。
(2)擦拭硅烷：干燥后，短玻璃板用剥离硅烷擦拭均匀（非常重要），长玻璃板用亲和硅烷擦拭均匀，干燥后，最后分别用无水乙醇擦去多余硅烷。两块玻璃板一定不要放在一起，以防止交叉污染。
(3)制胶：安装好制胶板，缓缓灌入6%PAGE序列分析胶溶液。倒插鲨鱼齿梳子，用夹子夹住玻璃板，聚合1 h以上，胶聚合好后就可以使用了，也可以放4℃保存备用。
(4)预电泳：将聚合好胶的玻璃板安装在电泳槽上，拧紧卡槽，防止漏液，在上下电泳槽中加入足量的1×TBE缓冲液，拔出梳子，然后顺插鲨鱼齿梳子形成点样孔，用枪头反复冲洗点样孔后，1000V恒电压预电泳30 min，并清除产生的气泡。
(5)上样与电泳：电泳之前，将选择性扩增后的样品加入等体积上样缓冲液(98%甲酰胺，10 mmol/L pH8.0的EDTA，0.25%溴酚蓝，0.25%二甲苯氰)充分混合，94℃变性3 min，立刻转移到冰中冰浴，每个样品取6μl点样。上样前要注意洗净点样孔的碎胶，上样后2000V恒电压电泳3 h左右。
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