国务院水行政主管部门组织开展水功能区水量、水质、水生态监测和评价，建立水功能区监测评价体系。
流域管理机构负责组织流域内全国重要江河湖泊水功能区的监测评价，对含有省界断面的水功能区(包括省界缓冲区)、流域管理机构直接管理的河道(河段)、湖泊、水库的水功能区水量、水质、水生态实施日常监测评价，对其他水功能区实施监督性监测。
县级以上地方政府水行政主管部门按照各自管理权限，负责辖区内有关水功能区的监测评价。
流域管理机构与有关省、自治区、直辖市政府水行政主管部门及其他有关部门应当按照规定建立信息交换机制，实现水功能区的水量水质信息、入河排污口与污染源排污量等相关信息共享。
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