衣原体是一种比细菌小但比病毒大，能通过细胞滤器，有独特发育周期，严格细胞内寄生的原核细胞型微生物。衣原体广泛寄生于哺乳类及鸟类中，仅少数有致病性。当人体被衣原体感染后，衣原体在细胞内繁殖，导致被感染细胞死亡。
新生儿的感染大多来源于母亲。准妈妈是衣原体患者及携带者时，分娩过程中胎儿经过产道时就会感染上衣原体。多数情况下，从母亲处染上的衣原体可引起新生儿结膜炎和肺炎，此外还可引起鼻咽部感染及其他部位感染。
受感染的新生儿，约30% ～ 50% 会患结膜炎。
大约于出生后5 ～ 14 天发病，有的可在出生后2 天左右发病。
通常先从一只眼睛开始，眼睛里有黏性分泌物，翻看眼睑能看到充血肿胀。
受感染的新生儿，约10% ～ 20% 会发生肺炎。
大约于出生后1 ～ 3 个月发病，表现为咳嗽、鼻塞、气促，有时伴发热症状。
衣原体侵入肺部是经由鼻泪管到鼻咽部，继而到肺的，因此鼻咽部也会有不同程度的感染。
症状： 表现为咳嗽、鼻塞，有时宝宝会因为咽喉疼痛而哭闹。
新生儿衣原体感染能治好吗
一旦确诊为新生儿沙眼衣原体结膜炎，爸爸妈妈就要重视了，这是一种病程较长的疾病。医生一般采用局部用药(点眼药水或抹眼药膏)和全身用药结合的方法治疗，为的是缩短病程，减少并发症，避免转为重症和慢性结膜炎。
新生儿眼炎早期经适当的治疗，一般不会发生并发症。
新生儿衣原体肺炎在医院通过常规治疗就可以治愈，通常没有后遗症。
新生儿衣原体感染该如何预防
最主要的预防措施是做好产前的常规检查，筛查出衣原体就能及时对症治疗。
如果已经感染衣原体，就要配合医生积极治疗。只要早期治疗，就能明显减少新生儿的衣原体感染率。
顺产时新生儿会经过产道而感染，对患有衣原体感染性疾病的准妈妈，医生会根据生产指征决定是否采用剖腹产。