一个月来，我对《物种起源》进行了持续的阅读和研究，体验到了一种智力上的享受。达尔文理论的核心乃是“自然选择”，这是一个虽不复杂，但易被误解的概念。赖特在《道德的动物》中对这个概念的概括很是到位，这里借鉴一下，“自然选择”就是：如果在一个物种中个体之间存在遗传性状的变异，且某些性状比另一些更有利于生存和繁殖，那么，前者就会在群体中(明显地)扩散开来，结果(显然是)物种中遗传性状的总体表现发生了变化。达尔文就是利用这一模型，对生物世界的各种现象展开了解释。自然选择具有强大的解释力，这一点只有亲自看一看此书才能理解。这本书内容丰富，值得探讨的问题很多，这里仅谈谈我印象较深的几点吧。
一、博物学。这个学科有什么特点，看看达尔文的著述就很明白了。对海量资料地把握，是我最为惊叹的。博物学者的确很“博”，种植、养殖、观察、考察，从家鸽的毛色到白垩纪地质层的特点，无一不知。在对大量感性资料的占有基础上，博物学者们进一步整理、归纳，提出了诸多理论。许多现代科学如地质学、生物学等都产生自博物学。虽然现代学科划分越来越细，传统博物学似乎已“日薄西山”。但是，博物学或者说一种跨学科研究的思想方法，对现代科学研究的影响依然很大。
二、大自然的“想象力”。书中对某些动植物有趣习性的描述让我不禁感叹自然选择的神奇力量。大自然造就了如此“计划周密”的行为，简直超越我们的想象。如第六章关于盔兰属植物“大水桶”的作用，真令人拍案叫绝。
三、达尔文谨审慎的学风。达尔文有理由为自己建立了这一解释力强劲的理论而骄傲。但是，从书中我们看到达尔文并不自负，他对自己理论的局限性有清醒的认识并对所有质疑者者表示了可敬的尊重。如第九章“首次杂交不育性与多种不育性的渊源与原因”这一节中，达尔文写道，“经过再三考虑，我确定这个结果大概不是经由自然选择而来的”。达尔文的谨慎还表现在他对人类认识局限性的承认。他在第七章中对为什么与长颈鹿亲缘很近的动物没有长出长脖子时，写道，“正如对为什么人类过去有的事情没有在这一国发生而在那一国发生这种问题，期望得到确切的回答一样是不合理的。”
本书的阅读使我理清了许多之前模糊的问题，如进化是否有方向，复杂性与适应性等等。但是，在我理解了很多的同时，产生的问题也越来越多，谈两点。
首先，物种的起源我们已经探究很深了，但生命的起源和初态是怎样的呢?最初的生命是如何产生的，似乎就像宇宙学“一切物理定律在此失效”的大爆炸奇点一样神秘。现在关于生命起源的两种假说孰优孰劣，除此之外是否还有其他可能，是令人着迷的问题。此外，生命的最初形式是什么，似乎已有公论，就是海洋中的蓝绿藻。但是这种最初的生物是无性繁殖的，这就意味着没有变异产生，而变异为自然选择提供了材料。试问，没有了材料，自然如何“裁剪”出其它类型的生物呢?有人可能说基因突变产生了变异，可众所周知的是，突变对个体常常是灾难性的。一种不利变异如何被自然选择保存下来，是令人费解的。我认为一种可能的情况是当时其实存在会产生变异的生物，只不过我们没有发现而已。一个与此问题相关的疑问就是“寒武纪大爆炸”，而对此的解释现在只停留在假说阶段，也值得我们深入探寻。
再一个，对复杂现象的认识。《物种起源》里专门有一章“对自然选择学说的各种异议”，是达尔文回应各种质疑的。其中，达尔文对批评者提出的各种疑难现象做出了自然选择的解释。无疑，我们说这些解释是精彩的，逻辑上是没有问题的。但是，我们也不得不承认，想要“证实”这种解释很难，“证伪”亦是如此。这主要是因为，进化作为一种复杂现象，我们无力了解它的每一环，于是我们对某一现象的原因只能做出推断，确保逻辑上的正确性，至于进化历程中是否真的是这样，只有“上帝”知道了。这一点，历来是进化论批评者的主要攻击对象。这个问题说起来复杂，可能会涉及一些科学哲学的命题。但简而言之，我认为，这是进化论的可能问题，也是进化论对人类世界观的最大贡献。对偶然性的肯定，对复杂现象的敬畏，是我们对自身理性能力局限性认识的进步。进化、社会历史、神经活动，都是复杂现象，它们的运作是无数因素综合使力的结果，而这种综合绝不是简单求和，而是一种质变。我对复杂现象一直充满兴趣，所以，下一阶段，准备读读梅拉妮·米歇尔的《复杂》，看有什么启发没有。