鱼油的副作用有：嗳气，口臭，胃灼热，恶心，稀便，皮疹和流鼻血。随餐服用深海鱼油补充剂，往往可以减少这些副作用的产生。某些鱼类，特别是鲨鱼、鲭鱼和养殖鲑鱼，可能会受到汞和其他化学品的污染。那么深海鱼油需要服用完一疗程才有效果吗？
深海鱼油的主要作用是调节血脂，这是一项漫长的工程，所以至少需要服用半年以上才能看到效果，如果需要更明显的作用，则需要服用一年以上。
深海鱼油是否需要服用完一疗程才有效果则视个人情况而定，不过深海鱼油属于保健品，不是药品，所以一般可以长期服用，如果为了降血脂，一般半年后复查一下血脂，平时低盐低脂饮食，适当锻炼身体。
深海鱼油中的DHA成分是另一种特殊的不饱和脂肪酸，是大脑细胞形成、发育及运作不可缺少的物质基础。科学家发现在脑部的“神经元突起细胞”中含有大量的DHA成分，使得脑部的神经传导物质能比较容易传达正确的讯息。因此DHA所扮演的角色是：促进、协调 神经回路传导作用，以维持脑部细胞的正常运作，从而增强集中力、记忆力、注意力。
深海鱼油中的EPA成分是一种特殊的不饱和脂肪酸，是有益于血液循环的保护因子。EPA可协助清除附着于血管壁上的胆固醇与硬化斑，降低血液中胆固醇水平，有助于保持血液畅通流动，抑制不正常血液凝集、预防血栓产生，阻止中风或心肌梗塞的发生。