时间不同
三九灸和三伏灸的时间不一样，三九灸主要是指在三九寒天期间进行的艾灸，是冬治“三九”中的一种独特治疗技术；而三伏灸是指在三伏天的时候进行的一种天灸治病方法，是中医实践医学、针灸学与中药外治相结合的一种疗法。
原理不同
三九灸是是冬治“三九”中的一种独特治疗技术，属于中医治疗学中的“天灸”；而三伏灸是利用“冬病夏治”原理，在夏天治疗冬天好发的疾病，以预防和减少病症在冬季发作，两者对应的原理不一样。
作用功效不同
三九灸是以辛温药物敷贴特定穴位，加速人体血液循环，起到辛温散寒、活血逐痰的效果，具有一定温阳益气、健脾益肺以及驱寒暖身的作用；而三伏灸在夏天治疗冬天好发的疾病，以预防和减少病症在冬季发作，具有很好的祛湿、温补脾肾、升阳等作用。
适宜人群不同
三九灸适宜畏寒怕冷者、患有呼吸道疾病的患者以及肠胃不佳的人群进行；而三伏灸主要适用于两类疾病；一是过敏性疾病，如哮喘、反复呼吸道感染、老年慢性支气管炎及小孩冬天易得的感冒；二是跟虚寒有关的疾病，如胃痛、结肠炎、关节痛、虚寒头痛、肾虚引起的腰痛及其他疾病。