藿香正气水大多数人，在夏天会用来治疗中暑。少量的饮用，可以防止中暑的加重，加快人体的热，另外用藿香正气水是可以治疗灰指甲的，连续3-5天左右，可以看到良好的效果。平时藿香正气水，还可以治疗痱子和疮，能达到杀菌消毒的功效。
小儿疖疮及痱子，用藿香正气水、注射用水各10毫升，混合一起，备用，用生理盐水冲洗消毒疖疮及痱子局部，然后涂擦此药，每日3～4次，1周后即可治愈。
湿疹，每日用温水清洗患处后，直接用藿香正气水外涂患处，天天3～5次，连用3～5天。
医学认为头癣、手足癣、灰指甲 皮肤癣、灰指甲由皮肤癣菌感染引起，夏季常易复发，而组成藿香正气水的藿香、紫苏、白芷、桔梗分别对多种致病真菌有较强的抑制作用，故而在临床中治疗头癣、手足癣、灰指甲有较好的疗效。用藿香正气水涂擦患处，每日1～2次，也可每日多擦几次。5天为一疗程，一般1～2个疗程即可见效。
晕车晕船 乘坐车、船前，可用药棉蘸取藿香正气水敷于肚脐内，也可在乘车前5分钟口服一支藿香正气水(儿童酌减)，可预防晕车晕船。
外阴瘙痒：用藿香正气水10毫升，凉开水500毫升，混合后清洗外阴，男女皆可应用。
蚊虫叮咬：藿香正气水还可治蚊虫叮咬，涂药半小时左右瘙痒可减轻或消失。