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金盏叠泉上方的溶洞石壁，有许多从隙缝中流出的泉水，这些泉水沿暗河边缘的斜坡缓缓流淌，由于空气的氧化作用和水流速度发生变化，导致泉水中碳酸钙形成结晶，逐渐在斜坡上形成鱼鳞状的小水坑，经过漫长的地质年代，水坑扩大、合并，形成层层叠叠的钙华堤堰。
乘船经过玉溪二洞，洞口有一个生长在水中的钟乳石，人们叫它三变石。小船由远到近经过三变石，从不同的角度观看，可以转变为不同的景物。曾经有一位诗人写下了他的观感：“远似渔翁钓清流，近如狮子滚绣球。忽变犀牛望明月，一石三景迷轻舟”。
在第三洞的底层，玉溪河水穿洞而过，河面宽阔，河水平静，但同凌霄岩一样，这条河流淌的河床，也是在几万年前才刚刚形成。而几十万年前的古河床，被剧烈的地壳运动，抬升到远离现在河床的40米高处。几十万年的地质变化，都在玉溪三洞中留下了历史痕迹。
在玉溪第三洞内，有一个形状酷似纺锤的石笋，它两头是尖的，中间粗大，地质学家讲，这是由于洞内早期的滴水较少，中期滴水增大，晚期滴水又变小，所以才形成了这种形状。地质学上，称它为玉溪三洞沉淀结晶环境变化的样板。
这些看似柔弱的溪流，是如何穿透重重大山，最终在石灰岩的腹部，钻出这宽大幽深的溶洞呢?首先，要有石灰岩的地层结构，因为石灰岩容易被水中的酸性物质所溶解，第二底层要有破碎的结构带，雨水开一沿着破碎带，进入到石灰岩内部。
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