这种独特的建筑形制是由多种因素促成的。首先，孔庙是孔子故宅扩建而成的，它保存了许多有关孔子的古迹，如故宅井、诗礼堂、鲁壁、金丝堂以及为纪念孔子讲学建造的杏坛等;其次是王者宗庙因素，如门戟之制，前殿后寝之制等;第三是宫庭因素，如天子五门之制，王城角楼之制，东、西华门等;第四是宗族家庙因素，如启圣殿、崇圣祠、家庙等;第五是祭祀因素，在孔庙被祭祀者除孔子、四配、十二哲外，还有先贤先儒、祖先等总数达二百余人，这样为容纳大批的从祀者神位，就须得设立廊庑，由此便构成了廊庑院落。
除以上几个因素外，还突出地表现了孔子的圣人地位及孔孟之道的神圣性，如泮池、璧水、牌坊等，并以书楼象征孔子在学术方面的伟大成就。孔庙成功地运用了传统的庭院组合与环境烘托相结合的表现手法，到达了渲染孔子在学术上、教育上的卓越贡献和在古代社会中崇高地位的目的，是中国古代建筑群中别具一格的建筑形制。
孔庙内现有古树一千二百余棵，与宏伟的建筑群相互辉映，个性是夏季，上千只鹭鸟居住在古木之上，构成了孔庙又一独特的景观，鹭鸟已被曲阜市定为市鸟。
万仞宫墙
“万仞宫墙”原名仰圣门，是明代曲阜城的正南门。明武宗正德七年(公元1512年)，孔庙为刘六、刘七领导的农民起义军所毁，正德皇帝下令建城卫庙、于是以孔庙、孔府为中心修筑了明曲阜城墙，明世宗嘉靖元年(公元1522年)竣工。在与孔庙正南门相对处设立城正南门。因正南门为孔庙而设，所以应视正南门与孔庙为一体。明代学者胡缵宗为表达对孔子的尊敬和赞扬，亲书“万仞宫墙”石额镶于门上，其意出自《论语》子贡语。鲁大夫叔孙武叔以前对大夫们说：“子贡的学问很深，比孔子还要强些。”子贡听说后就给叔孙武叔说：“人的学问好比宫墙，我的这道墙不足肩头高，别人很容易看到里面有多少东西，我老师这道墙有好几仞高(仞：丈量单位，一仞约等于八尺)，别人是看不到里面的东西的，只有找到门，走进去，才能看到这墙内雄伟的建筑，可找到门的人太少了!”胡缵宗认为数仞宫墙仍不能表达他对孔子的赞扬，于是将其改为“万仞宫墙”。到了清代，乾隆皇帝到曲阜来，为了显示他对孔子的敬仰，把胡缵宗书写的石额换下，自我亲笔书写了同样四个字镶于城门。此刻看到的“万仞宫墙”石额，即乾隆皇帝的御笔题写。