在进行程序性免职时，公司应该考虑以下员工权益问题：
合法性：公司应当确保解雇行为符合相关劳动法规定，避免违法解雇所带来的法律风险。
公平性：公司应当确保程序性免职是基于客观事实和公正标准，避免因歧视、偏袒等原因导致解雇不公平。
通知和沟通：公司应当提前通知员工，并在解雇过程中与员工进行沟通，解释解雇的原因和程序，给予员工足够的机会阐明自己的立场。
补偿和福利：公司应当按照相关法律规定支付员工应得的解雇补偿和福利，保障员工的合法权益。
职业转换支持：公司可以提供一定的职业转换支持，如培训、职业咨询等，帮助员工顺利过渡到下一份工作。
风险管理：公司应当在解雇过程中留好证据、遵循程序，避免解雇引发员工的法律诉讼或其他不良后果。
总之，在进行程序性免职时，公司应当尊重员工的权益，遵循相关法律法规，确保解雇过程公正合法，同时也可以通过合理的沟通和支持帮助员工顺利度过这一过渡期。