清华大学招生办主任于世洁表示，当前的综合素质评价在实际操作过程中存在“走过场”和“集中突击”等问题，综合素质评价没有纳入中学日常的教育教学活动中，学生成长记录规章制度不健全，收集整理有关材料不及时，综合素质评价档案往往由教师“突击”完成，学生的个性特长很难得到充分展示，对高校录取招生的参考意义有限。
此外，综合素质评价格式不统一、名称不规范等问题在实际使用过程中给高校带来了许多不便，这也是综合素质评价难以大范围推行的一个重要原因，考试成绩作为唯一评价标准的做法难以得到有效转变。
改进后的综合素质评价体系中，将以中小学生学籍信息管理系统为基础，档案基本格式全省份统一，高校在招生录取工作中使用综合素质评价档案时，操作更加方便、高效，参考范围将不仅限于自主选拔录取的考生，有望推广到招生录取的所有类型。