根本的区别在于土地的性质，大产权是有完全产权的国有出让土地，而小产权房则是集体土地。随之而来区别的还包括有房屋性质、交易限制、证件类型、基本配套等多种事务。需要注意的是大产权房是市面上常见的商品住房或是公寓等，这些房子可以完成正常的过户手续，而小产权房并不具备对集体外人员过户的功能，买房时务必区分清楚。
1、通常意义上的小产权房
也就是占用集体用地或耕地违法建设，将农民集体用地使用权流转，用于商品住宅开发的违法建筑。一般来说，该类型的小产权房在实际生活中，是最常见的。
2、限制销售的小产权房
也就是在政府划拨或出让的土地上，不按规划功能开发或使用，并将限制销售的房屋直接在市场上销售。同时还是具有产权纠纷的不完全产权房。
3、军产房
所谓的军产房，其实意思就是指在军队享有使用权的土地上进行商品房的开发，之后卖给军人以外的地方居民。因此，人们就俗称“军产房”。
4、部分二手房
在实际生活中，有一些二手房还没办理征地手续及欠缴土地出让金，就这样直接进买卖交易了，该类型的二手房也为小产权房。一般来说，该类房屋的买卖合同会被视为无效。
1、缺少“五证”
“五证”是消费者取得房产证的先决条件，即具备国有土地使用证、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、建筑工程施工许可证及商品房销预售许可证。包括城中村改造在内的房地产项目，如果没有“五证”是不能办理房产证的。尽管“小产权房”一片热销，但众多业内人士却认为，“小产权房”存在诸多风险，最大的问题就是没有产权，不受法律的保护。
2、质量难保证
房屋质量没人监督，一些开发商为赚钱会偷工减料，存在安全隐患。小产权房一般由土地所在村开发，除了房屋质量和房屋售后保修难以保证以外，入住后的物业管理也极容易出现问题。
3、拆迁难补偿
小产权房实际上属于在政府规定范围以外的违章建筑，如果和国家的规划相冲突，还很有可能被拆除，而且业主也不会得到拆迁安置补偿。
4、配套不完善
小产权房不能保证社区内的相关配套设置建设，甚至暖气天然气等基础配套都不能保证。