在使用samtools这个软件的时候，其中mpileup 与sort 是什么意思啊
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发布时间：2022-04-23 12:40
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时间：2023-10-13 18:26
1、sort
sort对bam文件进行排序。
Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix>
-m 参数默认下是 500,000,000 即500M（不支持K，M，G等缩写）。对于处理大数据时，如果内存够用，则设置大点的值，以节约时间。
-n 设定排序方式按short reads的ID排序。默认下是按序列在fasta文件中的顺序（即header）和序列从左往右的位点排序。
例子：
$ samtools sort abc.bam abc.sort
$ samtools view abc.sort.bam | less -S
2、
samtools还有个非常重要的命令mpileup，以前为pileup。该命令用于生成bcf文件，再使用bcftools进行SNP和Indel的分析。bcftools是samtool中附带的软件，在samtools的安装文件夹中可以找到。
最常用的参数有2： -f 来输入有索引文件的fasta参考序列； -g 输出到bcf格式。用法和最简单的例子如下
Usage: samtools mpileup [-EBug] [-C capQcoef] [-r reg] [-f in.fa] [-l list] [-M capMapQ] [-Q minBaseQ] [-q minMapQ] in.bam [in2.bam [...]]
$ samtools mpileup -f genome.fasta abc.bam > abc.txt
$ samtools mpileup -gSDf genome.fasta abc.bam > abc.bcf
$ samtools mpileup -guSDf genome.fasta abc.bam | \
bcftools view -cvNg - > abc.vcf
mpileup不使用-u或-g参数时，则不生成二进制的bcf文件，而生成一个文本文件(输出到标准输出)。该文本文件统计了参考序列中每个碱基位点的比对情况；该文件每一行代表了参考序列中某一个碱基位点的比对结果。比如：
scaffold_1 2841 A 11 ,,,...,.... BHIGDGIJ?FF
scaffold_1 2842 C 12 ,$,,...,....^I. CFGEGEGGCFF+
scaffold_1 2843 G 11 ,,...,..... FDDDDCD?DD+
scaffold_1 2844 G 11 ,,...,..... FA?AAAA<AA+
scaffold_1 2845 G 11 ,,...,..... F656666166*
scaffold_1 2846 A 11 ,,...,..... (1.1111)11*
scaffold_1 2847 A 11 ,,+9acggtgaag.+9ACGGTGAAT.+9ACGGTGAAG.+9ACGGTGAAG,+9acggtgaag.+9ACGGTGAAG.+9ACGGTGAAG.+9ACGGTGAAG.+9ACGGTGAAG.+9ACGGTGAAG %.+....-..)
scaffold_1 2848 N 11 agGGGgGGGGG !!$!!!!!!!!
scaffold_1 2849 A 11 c$,...,..... !0000000000
scaffold_1 2850 A 10 ,...,..... 353333333
mpileup生成的结果包含6行：参考序列名；位置；参考碱基；比对上的reads数；比对情况；比对上的碱基的质量。其中第5列比较复杂,解释如下：
1 ‘.’代表与参考序列正链匹配。
2 ‘,’代表与参考序列负链匹配。
3 ‘ATCGN’代表在正链上的不匹配。
4 ‘atcgn’代表在负链上的不匹配。
5 ‘*’代表模糊碱基
6 ‘^’代表匹配的碱基是一个read的开始；’^'后面紧跟的ascii码减去33代表比对质量；这两个符号修饰的是后面的碱基，其后紧跟的碱基(.,ATCGatcgNn)代表该read的第一个碱基。
7 ‘$’代表一个read的结束，该符号修饰的是其前面的碱基。
8 正则式’\+[0-9]+[ACGTNacgtn]+’代表在该位点后插入的碱基；比如上例中在scaffold_1的2847后插入了9个长度的碱基acggtgaag。表明此处极可能是indel。
9 正则式’-[0-9]+[ACGTNacgtn]+’代表在该位点后缺失的碱基；追问果然强悍，能否留个联系方式，以后还需多多请教您！
追答请教谈不上，能解决就尽量解决了！O(∩_∩)O~
